1 Phase d’incubation

Cette phase dure de 1 à 3 semaines dans le cas de la plupart des maladies infectieuses infantiles.
Pour des maladies «lourdes», elle est beaucoup plus longue :
de 40 jours pour une mononucléose...à 10 ans pour le SIDA.
Pour les maladies à prions, elle est estimée à une demi-vie de l’organisme : 40 ans pour un Homme !


En dehors des cas de stress provoquant la rentrée directe d’un antigène dans l’organisme (piqure, blessure),
le contact normal entre l’antigène et l’organisme se fait au niveau des muqueuses,
dont la surface d’échange est maximale (peau, poumon, intestin).

Sur les muqueuses, une flore symbiotique (ou commensale) permet une première régulation des germes et substances présentes.
Au contact du non-soi, au niveau des muqueuses, une information nocive, redondante ou inintéressante n’est pas intégrée
(dans la réponse secondaire du S.I. - 2ème infection - , l’action concertée immédiate des macrophages,
des lymphocytes T4 mémoire,
et B mémoire permet un rejet rapide de l’antigène déjà connu)

En revanche, l’organisme laisse naturellement passer une nouvelle information porteuse de sens.
les artisants de cette phase sont essentiellement les cellules présentes au niveau des muqueuses,
les cellules M (dans l’intestin), les cellules dendritiques, et les macrophages
,
en particulier par le phénomène de phagocytose.

C’est durant cette phase que l’information virale est susceptible d’intégrer le génôme
(à partir par exemple d’ADN ou d’ARN viral)